הקצעת שורשים מתבצעת על שיניים. למרבה הצער, גם מסביב לשתלים עלולה להווצר מחלה הדומה למחלת חניכיים מסביב לשיניים ואז יש צורך לבצע פעולה מקבילה- ניקוי של משטחי השתלים ממצבורי החיידקים והאבנית שהצטברו עליהם. שכיחות ונפיצות הבעיות מסביב לשתלים הולכת ועולה ככל שיש יותר שתלים וככל שהשתלים נמצאים בפה יותר שנים. הטיפול בשתלים נעשה גם הוא על ידי הפריודונט ובמרפאתו.