הניתוח לטיפול שאבני מרה הוא אכן כריתת כיס המרה כולו עם האבנים בתוכו.
הנימוק הוא כפול-
1. כריתת הכיס כולו יותר פשוטה ופחות מסוכנת מפתיחת הכיס והוצאת האבנים, מה עוד שקשה לוודא שכל האבנים, כולל הפירורים הקטנים, אכן הוצאו.
2. הכיס הוא "יצרן" האבנים והסיכוי רב שיווצרו אבנים חדשות.
כיס מרה עם אבנים שגורמות לכאבים או תופעות אחרות הינו איבר חולה שאינו מתפקד היטב והסרתו פותרת את הבעיה, ואף מסירה את המגבלות התזונתיות (אוכל שומני וכו') שקיימות טרם הניתוח.