הבדלים בין פרוטוקולים

פרוטוקול הטיפול נבחר בין היתר על פי המאפיינים ההורמונלים של האישה ,הרזרבה השחלתית שלה,גילה,נסיון הרופא והמחלקה,טיפול קודם ובו..
ההבדל בין פרוטוקול ארוך וקצר הוא בעובדה שהפרוטוקול הקצר משלבים תרופות מדכאות ותרופות גירוי מתחילת המחזור או במהלכו כדי להפיק את התגובה הרצויה. בפרוטוקול הארוך משתמשים בתכשיר דיכוי הנקרא GNRH agonist בלבד כשבועיים לפני התחלת הטיפול המשולב בתכשירים לגרימת ביוץ והמדכא GNRH agonist הניתנים בו זמנית